สเปเชียลโอลิมปิคไทย ก่อตั้งขึ้นเมื่อ 26 กุมภาพันธ์ 2530 โดยประธานของสเปเชียลโอลิมปิคสากล (Hon. Sargent Shriver) มอบหมายให้ Mrs.Virginia P. Kirkwood ในฐานะ Consultant on Asia Development ของสเปเชียลโอลิมปิคสากล เป็นตัวแทนมาติดต่อกับองค์กรและบุคคลที่ทำงานเกี่ยวกับบุคคลพิการทางสมองปัญญา
หลังจากนั้น มูลนิธิช่วยคนปัญญาอ่อนแห่งประเทศไทยในพระบรมราชินูปถัมภ์ได้รับเป็นศูนย์ประสานงานและรับผิดชอบจัดตั้งคณะกรรมการ(ชั่วคราว) เพื่อดำเนินการจัดส่งนักกีฬาไทย จำนวน 4 คน เข้าร่วมการแข่งขัน 1987 Special Olympics World Summer Games ที่มลรัฐอินเดียนา สหรัฐอเมริกาเป็นครั้งแรก โดยมีคุณหญิงโสภร วงศ์สวรรค์ ดำรงตำแหน่งประธานในคณะกรรมการชุดแรก
สเปเชียลโอลิมปิคไทย ได้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคลกับการกีฬาแห่งประเทศไทย ในปี พ.ศ.2534 ในนาม “คณะกรรมการสเปเชียลโอลิมปิคแห่งประเทศไทย” โดย คุณหญิงวิจันทรา บุนนาค ดำรงตำแหน่งประธาน ในคณะกรรมการฯ ชุดนี้
ต่อมาท่านผู้หญิงนิรมล สุริยสัตย์ ได้รับเลือกเป็นประธานในปี พ.ศ.2536-2543 และในเดือนกรกฎาคม พ.ศ.2538 ได้รับเชิญให้เป็นกรรมการในคณะกรรมการสเปเชียลโอลิมปิคสากล (Special Olympics International)
ในปี 2543 ดร.นริศ ชัยสูตร ได้รับเลือกเป็นประธานคณะกรรมการอำนวยการ และดำรงตำแหน่งมาจนถึงทุกวันนี้
คณะกรรมการสเปเชียลโอลิมปิคแห่งประเทศไทย ได้รับพระกรุณาธิคุณจาก พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรราชาทินัดดามาตุ ทรงประทานไฟพระฤกษ์ในการแข่งขันกีฬาสเปเชียลโอลิมปิคแห่งชาติทุกครั้ง ตั้งแต่ครั้งแรกที่จัดการแข่งขันในปี 2532 และ ทรงเสด็จเปิดการแข่งขันกีฬาสเปเชียลโอลิมปิคแห่งชาติ ในปี 2549 และ 2551 ในปี พ.ศ.2539 พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าพัชรกิติยาภา ทรงเสด็จเปิดการแข่งขันสเปเชียลโอลิมปิคแห่งชาติ ซึ่งที่ผ่านมาได้มี ฯพณฯ นายกรัฐมนตรีอานันท์ ปันยารชุน ฯพณฯ นายกรัฐมนตรีชวน หลีกภัย และ ฯพณฯ นายกรัฐมนตรีอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ เป็นประธานในพิธีเปิดการแข่งขัน
ประเทศไทยได้ส่งนักกีฬาเข้าร่วมการแข่งขัน Special Olympics World Summer Games ซึ่งเป็นการแข่งขันกีฬาระดับโลก รวมทั้งสิ้น 8 ครั้ง (1987, 1991, 1995, 2003, 2007, 2011 2015 และ 2019) ในปี 2013 ประเทศไทยได้รับเชิญส่งนักกีฬาไปร่วมการแข่งขัน World Winter Games และ เข้าร่วมการแข่งขัน 1st Asia Pacific Regional Games เป็นครั้งแรก
ต่อมา คณะกรรมการสเปเชียลโอลิมปิคแห่งประเทศไทยได้จดทะเบียนสมาคมกีฬาภายใต้ พ.ร.บ. การกีฬา พ.ศ.2558 กับ การกีฬาแห่งประเทศไทย ในนาม “สมาคมกีฬาสเปเชียลโอลิมปิคแห่งประเทศไทย” เมื่อวันที่ 19 มกราคม 2561
ปัจจุบัน สเปเชียลโอลิมปิคไทย จัดกิจกรรมหลากหลายโครงการตลอดทั้งปี อาทิ การจัดค่ายฝึกซ้อมกีฬา การแข่งขันกีฬาระดับต่างๆ การกิจกรรมทักษะกลไกสำหรับผู้พิการมาก การส่งทีมนักกีฬาเข้าแข่งขันในต่างประเทศ การอบรมครูผู้ฝึกสอนกีฬา การจัดแพทย์อาสาสมัครเพื่อตรวจสุขภาพนักกีฬา และการส่งเสริมการพัฒนาเด็กเล็กวัยแรกเริ่ม โดยมีนักกีฬาที่พิการทางสติปัญญาเข้าร่วมโครงการกว่า 20,000 คน จากทั่วประเทศไทย
